Το Λιμενικό ταμείο Σκύρου είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (ΝΠΔΔ), εποπτευόμενο από το Υπουργείο Οικονομίας, Υποδομών, Nαυτιλίας & Τουρισμού.Το Λ.Τ Σκύρου είναι ένα από τα Λιμενικά ταμεία που παρέμεινε Κρατικό, άλλα συγχωνεύτηκαν και άλλα ενσωματώθηκαν στους Δήμους με την εφαρμογή του “Καλλικράτης”.